Cerita dimulai dengan kisah hidup Raden Segoro, yang pindah dari Gunung Geger ke hutan dan desa Nepa. Kata Nepa diambil dari nama pohon yang dulu tumbuh di daerah tersebut. Yakni, diambil dari nama pohon Nepa, Bunyok, yang bentuknya seperti pohon kelapa namun ukurannya lebih kecil dari pohon kelapa. Daunnya dapat dibuat menjadi atap dan daun mudanya dapat dibuat menjadi tembakau (seperti clobo). Nama ini diberikan oleh Raden Segoro saat ia berusia tujuh tahun, dan Raden Segoro hidup dan tumbuh hingga dewasa, dengan tubuh yang gagah seperti pangeran. Singkat cerita, salah satu kerajaan di pulau Jawa yang bernama kerajaan atau keraton Gilling wesi mengalami peperangan hebat dan hampir mengalami kekalahan. Akhirnya, sang raja memerintahkan Adi Patinyah untuk segera pergi ke Pulau Madura dan mencari pemuda yang disebutkan dalam mimpi tersebut. Setelah beberapa lama, Adi Patinyah mencari pemuda yang dimaksud oleh sang raja, dan akhirnya singgah di Hutan Nepa, di mana ia bertemu dengan seorang pemuda bernama Raden Segoro. Sebelumnya, Raden Segoro tidak mau ikut karena tidak ingin meninggalkan ibunda tercintanya, Raden Ayu Bendrogun, namun ibunya juga khawatir dengan apa yang akan terjadi dengan Raden Segoro, hingga akhirnya ia membaca mantra untuk memanggil Ki Poren yang selalu membantunya di saat-saat sulit. Ki Pollen pun datang dan memberikan keyakinan kepada Raden Segoro bahwa ia akan dengan senang hati membantu dengan syarat Raden Segoro membawa salah satu senjatanya yaitu Tombak Kyai Nengoro, dan akhirnya Raden Segoro pun dengan senang hati berpamitan kepada ibunya. Setelah tiba di kerajaan, situasi terus memburuk karena pasukan kerajaan sudah sedikit dan sepertinya tidak mungkin memenangkan pertempuran.

  Setelah sampai di medan perang, Raden Segoropun menyuruh pasukan raja untuk mundur, sehingga Raden Segoro pun pergi ke medan perang sendirian. Setelah semua pasukan mundur, Raden Segoropun akhirnya mengeluarkan senjatanya, yaitu tombak Gaya Nengolong. Melihat tombak yang dibawa oleh Segoro mutiara, pasukan musuh tertatih-tatih mundur ketakutan dan akhirnya mundur dari pertempuran. Sang raja sangat gembira dengan peristiwa ini. Hal ini karena pasukannya telah menang. Akhirnya Raden Segoro diterima dengan penuh penghormatan dan diperlakukan layaknya seorang raja. Oleh karena itu, raja ingin mengetahui asal-usul Raden Segoro, dan akhirnya ia bertanya kepada Raden Segoro siapa ayahnya. Raden Segoro pun kembali dengan membawa pasukan prajurit yang ditugaskan oleh raja untuk selalu mengikutinya. Setelah Raden Segoro sampai di rumah, semua prajurit disuruh berjaga-jaga di luar dan dilarang mengambil atau mencuri apapun yang ada di sekitar rumah. Setelah Raden Segoro masuk ke dalam rumah dan melakukan 'cium tangan' kepada ibunda tercintanya, Raden Segoro bertanya kepada ibunda Raden Ayu Bendorogun tentang siapa ayah dari Raden Segoro, namun ibunda Raden Ayu Bendorogun termenung dan tidak bisa menjawab, dan Raden Segoro dan ibunda Raden Ayu Bendorogun pun menghilang dari dunia. Itulah asal mula desa Nepa, dan bekas rumah dan istana Raden Segoro masih terletak di dalam Hutan Nepa yang kini dikembangkan sebagai Wisata Hutan Kera Nepa.